心理咨询师证书是由国家卫生健康委员会（原卫生部）主管的。

根据《中华人民共和国执业医师法》和《中华人民共和国心理健康法》，心理咨询师需要通过国家卫生健康委员会组织的培训和考试，获得由该部门颁发的心理咨询师资格证书，这一过程旨在确保心理咨询师具备相应的专业知识、技能和道德标准，以提供高质量的心理健康服务。

心理咨询师证书的颁发流程如下：

1、申请者首先需要满足相关的学历要求，通常需要具有心理学、医学或相关领域的本科及以上学历。

2、申请者需要参加国家卫生健康委员会组织的相关培训课程，这些课程可能包括基础心理学、临床心理学、心理评估、心理治疗等方面的知识。

3、完成培训课程后，申请者需要参加国家卫生健康委员会组织的考试，考试内容通常涵盖心理学基础知识、心理诊断技术、心理治疗方法等。

4、考试成绩合格后，申请者将获得国家卫生健康委员会颁发的心理咨询师资格证书。

5、持有心理咨询师证书的人员可以在全国范围内从事心理咨询工作，但需要遵守国家关于心理咨询师职业行为的规定，如不得非法行医、不得泄露患者隐私等。

6、心理咨询师证书的有效性通常为5年，有效期满后需要进行重新培训和考试以维持证书的有效性。

需要注意的是，心理咨询师证书的颁发和管理在不同国家和地区可能有所不同，心理咨询师证书的颁发和管理主要由国家卫生健康委员会负责，但在其他国家，可能由其他政府部门或专业机构负责，如果您想了解特定国家或地区的心理咨询师证书颁发情况，建议您查阅当地的相关政策和规定。